یکی از نمونه‌های تعارض علم و دین، فرضیه تکامل داروین و چگونگی آفرینش انسان در قرآن است. فرضیه داروین بر تکامل و تبدل انواع و ظهور آیات دینی بر ثبات خلقت نوعی انسان دلالت دارند. داروین، اختلاف‌های انسان و حیوان را- چه به لحاظ جسمانی یا روانی- کمّی می‌دانست و به هیچ وجه به تفاوت کیفی اعتقاد نداشت؛ بنابراین، احساس، ادراک عقلی، عاطفه، انگیزه، هیجان، حب و بغض و... به صورت ابتدایی و گاه تکامل یافته در حیوانات پست وجود دارد.

وی اصرار داشت‌که اجداد چهار پای انسان، ابتدا روی دو پای عقب ایستاده‌اند؛ البته نه به طور کامل و این خود، سر آغاز پیدایش موجودات دو پا بوده است. تنازع بقا و جهت تغییر محیط خارجی، نقش عظیمی درتکامل انسان داشته است. داروین در تبدیل میمون آدم‌نما به انسان، برای دو عامل جغرافیایی و اقتصادی، سهم برابری قائل بود؛ بدین صورت که انسان در هنگام کم شدن مواد غذایی در میدان تنازع بقا، به تنوع‌جویی در تغذیه عادت کرد و با تبدیل گیاه‌خواری مطلق به تغذیه مختلط از گوشت و گیاه، قدم اساسی به طرف تکامل برداشت. 

بسیاری از اندیشمندان با این طرز تفکر مخالفت کردند و آرای دیگری را برگزیدند؛ برای نمونه، لایل، اعتقاد داشت‌که انسان با جهشی ناگهانی و غیر منتظره تکامل یافته است و نیز والاس ادعا می‌کرد که پیدایش نوع انسان را باید در شکل خاصی از تکامل جست و جو کرد که خارج از قالب داروینیسم است و بر این باور بود که آدمی فقط به کمک استعداد و قابلیت تهیه  لباس و ساختن اسلحه و ابزار و با نیروی تغییر محیط خارجی و ساختمان داخلی توانست خود را به تدریج از چنگ طبیعت خارج سازد و مانع از این شود که طبیعت او را چون سایر جانوران، وادار به سازش با محیط کند؛ 

بنابراین، والاس با تکیه بر خصوصیات آدمی، منکر تطبیق تئوری انتخاب طبیعی با تکامل آدمی بود. وی، روح آدمی را محصول طبیعی نمی‌دانست. ویسمان نیز با تمایز روح و جسم و مشابهت‌های تشریحی و تفاوت‌های جنین‌شناسی و فیزیولوژیکی انسان و حیوان و عدم مشابهت روان‌شناسی آن دو، مخالفت خود را با داروین ابراز کرد. 

علاوه بر این، یک قانون یا تئوری علمی، از نظر منطقی یک قضیه  کلی است که نظمی مکرر و همیشگی را بیان می‌کند و بر وفق آن، هم پیش‌بینی پدیده‌یی میسّر است و هم تفسیر آن و نادرستی یک قانون علمی را می‌توان به تجربه دریافت؛ پس قضایای جزئی و واقعیت خارجی و گزاره‌های تجربه‌ناپذیر از قانون علمی، خارج‌اند. داروین، برنامه  کلی و نظام عام زوال و بقای جان‌داران را در عرصه  تاریخ، چنین تقریر می‌کند که در زمان و مکان و اقلیم خاصی، گروهی از جانوران که شایسته  ماندن نباشند، حذف می‌شوند و آنهایی که شایسته  ماندن‌اند، حفظ خواهند شد. همواره حذف و حفظ، نتیجه  عدم صلاحیت جانور است.

اینک اگر بپرسیم کدام جانور است‌که حفظ خواهد شد؟ پاسخ این است: آنکه شایسته‌تر است و اگر بپرسیم کدام جانور شایسته‌تر است؟ جواب این خواهد بود: آنکه حفظ خواهد شد. نتیجه این می‌شود که جانوری حفظ خواهد شد که حفظ خواهد شد. این دور منطقی است‌که در نظریه  انتخاب طبیعی و بقای اصلح هست و از آن گریزی نیست. انتخاب طبیعی، پیشاپیش هیچ‌گونه ضابطه و معیار برای تمییز جانور ماندنی از نماندنی و یا شایسته از ناشایست، به دست نمی‌دهد.

از این‌رو بر مبنای این نظریه، آینده یک گروه جانور به دست نمی‌آید؛ به عنوان مثال، معلوم نیست‌که در نزاعی که برای بقای بین انسان‌ها و مثلا گربه‌ها درگیر شود، کدام یک پیروز خواهند شد؟ وقتی نظریه تحوّل از پیش‌بینی عاجز است، خود به خود ابطال‌ناپذیر هم خواهد بود؛ زیرا توتولوژیک است؛ یعنی در تعریف یک مطلب، از خودِ آن مطلب کمک گرفته است؛ بنابراین، تئوری انتخاب طبیعی، نسبت به سیر و جهت حوادث بی‌تفاوت است.

اگر در زنجیره  تکامل، انسان پدید نمی‌آمد، انتخاب طبیعی چنین تفسیر می‌کرد که ناگزیر شرایط مساعد نبوده و موجودی به نام انسان، اگر هم به تصادف ظاهر شود، بر پایه  شایستگی و توانایی تطابق با محیط، ماندن آن را توجیه می‌کند؛ پس در هر صورت، مکانیسم انتخاب طبیعی، پاسخ یکسانی به هر نوع حادثه‌ای خواهد داد و این نظریه نسبت به هیچ کدام، حساسیتی نشان نمی‌دهد و لازمه  این مطلب، غیرعلمی بودن سخن است؛ مشکل دیگر این است که اگر مسئله تبدّل انواع، یک قانون کلی است، پس چرا برخی از جان‌داران به نوع دیگری بدل شدند و برخی دیگر از همان جان‌داران در همان سرزمین به جای خود باقی ماندند؟ برای نمونه، چرا در تاریخ تطور زیست‌شناسانه، برخی از افراد میمون‌ها به انسان تبدیل شدند؛ ولی بعضی دیگر به جای خود باقی مانده‌اند؟

دکتر لوئیس لی‌کی و همسرش با مطالعه  سی ساله  خود، برای یافتن فسیل‌های بشرِ ماقبل تاریخ در شرق آفریقا به استخوانی که کاملا شبیه جمجمه  یک انسان بود برخورد کردند. صاحب جمجمه در حدود دو میلیون سال قبل زندگی می‌کرد و پوزه‌ای شبیه به انسان داشت. صورت آن پهن و مسطح و چانه‌ای مستطیل شکل داشت. این جمجمه، به هیچ وجه به میمون شباهت نداشت.

با چنین کشفیاتی، تئوری داروین تا حدودی تزلزل پیدا می‌کند. اصل سازش با محیط، همیشه باعث استعمال و عدم استعمال و درنهایت تغییرات نوعی نمی‌شود؛ برای نمونه، آزمایش آقای پین (Payne) بر روی مگس سرکه که 69 نسل آن به طور متوالی، در جای تاریکی نگه‌داری شد و با وجود سازش با محیط، چشمان آخرین نسل آن کاملا طبیعی می‌نمود. مطابق نتایجی که از آزمایش‌های DNA متعلق به یک اسکلت باقی مانده از انسان نئاندرتال متعلق به یکصد هزار سال بیش به دست آمده است، از نظر ژنتیکی، هیچ شباهتی باDNA  میمون‌های شبیه انسان که گفته می‌شد اجداد انسان فعلی هستند وجود ندارد. همچنین گرچه شباهت‌های زیادی بین انسان‌های نئاندرتال و انسان‌های فعلی وجود دارد، اما شواهد علمی برای تبدلانواع محسوب نمی‌شوند. 

متکلمان بنیادگرای مسیحی و کاتولیک‌ها و پروتستان‌ها و الهیات اعتدالی به حل این تئوری با چگونگی آفرینش انسان در متون دینی پرداختند. برخی از متفکران اسلامی نیز بر این باورند که پاره‌ای از آیات، ظهور در خلقت اشتقاقی انسان دارند و به طور نسبتاً صریح بر تئوری تکاملی دلالت می‌کنند.

عده‌ای دیگر از مفسران، کاملا با این نظر مخالفت کرده‌ و ظهور بلکه صراحت و نص آیات را در پیدایش استقلالی انسان دانسته‌اند و دسته‌ای دیگر از اندیشمندان، قدم‌های احتیاط‌آمیز برداشته و هر دو ظهور را از آیات استفاده کرده‌اند و یا لااقل خلاف تئوری داروین را از آیات برداشت نکرده‌اند.

نگارنده، به تفصیل به بیان دیدگاه‌های مهندس بازرگان، دکتر سحابی، علامه طباطبایی، آیت الله مشکینی، آیت الله طالقانی، آیت الله سبحانی و آیت الله مصباح یزدی در این زمینه پرداخته است. به نظر نگارنده، آیات قرآن بر اصل نظریه تکامل تدریجی دلالت دارند؛ ولی این که تبدّل انواع از قرآن استفاده می‌شود یا خیر، نیاز به تحقیقات زبان‌شناختی تخصصی دارد.

حق مطلب آن است‌که موافقان و مخالفان تئوری داروین با پیش‌فرض خاصی به سراغ قرآن رفته‌اند؛ زیرا اولا و بالذات، قرآن درصدد بیان نظریه زیست‌شناختی نبوده است تا مثبِت یا نافی فرضیه تبدل انواع باشد. تنها دلالت قرآن بر آفرینش نوع انسان از آدم و حوا و خلقت آدم از خاک است؛ اما در اینکه از مرحله  خاک تا آدم، چه مراحلی طی شده، قرآن ساکت مانده است.

برخی از آیات قرآن، آفرینشِ حضرت آدم را گزارش می‌دهد و پاره‌ای دیگر ازآفرینش نخستین انسان سخن می‌گوید و آیات دیگری نیز پیدایش همه  انسان‌ها را توضیح می‌دهد و همه آنها در صدد اثبات قدرت یا خالقیت خداوند متعال یا اثبات امکان معاد هستند و در مقام بیان تکامل یا ثبات انواع و پیدایش یا عدم پیدایش نوع انسان از انواع پست گذشته نیستند. 

اما در باره تعارض مباحث ژنتیک و صفات انسانی با مسأله اختیار انسان، که گفته می‌شود با وجود صفات ژنتیکی و وراثتی، دیگر نمی‌توان از اختیار و اراده انسان سخن گفت و تربیت و تعلیم و قوانین حقوقی و بهشت و جهنم آدمیان، منتفی می‌گردد؛ پاسخ این است‌که پروژه ژنوم از قابلیت‌ها و استعدادهای انسان سخن می‌گوید.

این قابلیت‌ها در اثر محیط خارجی و اراده انسان به فعلیت می‌رسند و به تعبیر اپی‌ژنتیک، بیان می‌گردند. ترکیب دانش ژنتکی و اپی‌ژنتیک، می‌تواند این نمونه از تعارض را حل کند.